در سال 1341، ماهر از دانشکده افسری فارغالتحصیل شد. او به همراه عدنان شریف شهاب و سعدالله زینالعابدین، از دانشجویان دوره 38 این دانشکده بود. سعدالله زینالعابدین به عنوان نفر اول این دوره شناخته میشد. با این حال، در شب پیش از مراسمی که قرار بود رئیسجمهور عبدالکریم قاسم شمشیر رافدین را به نفر اول دوره، یعنی سعدالله، اهدا کند، به او اعلام شد که به عنوان نفر سوم معرفی شده است.